Человечество стало изучать растения давно. Уже неандертальцы различали ядовитые и лекарственные растения, знали какие растения можно употреблять в пищу. Однако, как наука ботаника зародилась благодаря ученым Древней Греции. «Отцом ботаники» считают древнегреческого ученого и естествоиспытателя Теофраста.
В его труде «Естественная история растений» было описано около 480 видов растений. Его интересовало не только их прикладное значение, но он также исследовал строение органов растений, некоторые стороны их физиологии, распространение. Теофраст сделал первую в истории науки попытку классифицировать растения, разделив их на деревья, кустарники, полукустарники и травы.
Интенсивно ботаника начала развиваться в эпоху Возрождения (XVI-XVII века), когда значительно возрос интерес к растениям, как источнику лекарств, пряностей и новых пищевых продуктов. Из разных стран мира хлынул поток новых неизвестных науке растений. Так в XV-XVI веке в Европу были ввезены из Южной Америки картофель, кукуруза, табак, подсолнечник, помидоры, с Ближнего Востока – копра, из Индии – мандарины и т.д. В это период стали появляться «травники» с описанием всё возрастающего числа растений, начали создаваться первые «сухие сады» — гербарии, а также организовываться настоящие ботанические сады. В России первые ботанические сады, так называемые «аптекарские огороды» были созданы в конце XVII начале XVIII века.
К середине XVIII века накопилось множество описаний растений, поэтому возникал необходимость привести их в систему. Основателем систематики считают Карла Линнея. Он ввел в науку основные принципы систематики (представление о виде, бинарная номенклатура, принцип иерархии таксонов), которые существуют и по сей день.
Для этого периода характерно не только развитие систематики. Изобретение микроскопа привело к открытию клеточного строения растений. Первые наблюдения в этой области были сделаны Робертом Гуком, которому принадлежит термин «клетка». Позднее итальянец Марчелло Мальпиги и англичанин Николай Грю заложили основы анатомии растений. Голландец Ян ван Гельмонт поставил первый опыт по физиологии растений. Немецкий ботаник Р. Камерариус впервые обосновал наличие полового процесса у растений.
Однако следует отметить, что, несмотря на это, еще немногим более 100 лет назад ботаника относилась в основном к медицине и ею занимались главным образом врачи. Как самостоятельная отрасль наук она определилась только в XVIII веке.
На сегодняшний день ботаника представляет собой сложную систему научных дисциплин, каждая из которых имеет свои задачи и свои собственные методы исследования.