В адаптивной системе селекции растений наряду с искусственным отбором важнейшую роль играет и естественный отбор. Если раньше давление отбора на изменение генетической структуры популяции оценивалось в 1 % (Ficher, 1930), то в настоящее время - в 30 %. При этом давление естественного отбора оказывается наибольшим на постмейотическом этапе - в периоды прорастания пыльцы, роста пыльцевых трубок, оплодотворения, формирования завязи, появления всходов. Именно в результате избирательного оплодотворения элиминирует бoльшая часть рекомбинантных гамет. Поэтому формирующему действию естественного отбора (особенно в селекции на количественные признаки, горизонтальную устойчивость, биоценотическую адаптивность) уделяется наибольшое внимание (Жученко, 1980, 2001).
В то же время еще Дарвин (1859) указывал на ограниченную эффективность естественного отбора в том смысле, что последний, увеличивая приспособленность организмов, обеспечивает лишь условное совершенство признаков. Домашние породы, - писал он, - в своем строении и привычках несут отпечаток потребностей и прихотей человека… Большинство наиболее резко обозначившихся домашних разновидностей и не могло бы даже существовать в диком состоянии . Аналогичной точки зрения придерживался и Уоллес (1898), по мнению которого подобного рода изменения часто не только не имеют значения для животного или растения, но и вредны ему. Например, у турмана привычка кувыркаться настолько ярко выражена, что нередко является причиной смерти птицы. Как справедливо отмечает Наппельбаум (1965), для биологических систем действует не столько принцип оптимальности, сколько принцип удовлетворения.
Согласно Дубинину (1987), неадаптивная эволюция организмов идет путем фиксации нейтральных мутаций и рекомбинаций на основе стохастических процессов, сопряженного дрейфа аллелей, корреляций и плейотропии. Однако неприспособленный или экологически безразличный признак в одних условиях может иметь адаптивную значимость в других (Синская, 1963). И все же неслучайность естественного отбора наиболее адаптивных генотипов (что общепризнано) дополняется неслучайностью действия факторов внешней среды на отбор генетических систем, контролирующих процесс перехода потенциальной генотипической изменчивости в свободную и доступную отбору в зависимости от степени онтогенетической приспособленности гетерозигот. При этом действие экологических стрессоров приводит не только к U-образной изменчивости частоты кроссинговера, но и к эколого-филогенетическому адаптациогенезу самой рекомбинационной системы (Жученко, 1980, 1988). Трансгеноз, внося свои правила в генетическую изменчивость высших растений ( гибридизация без границ ; сама изменчивость в основном неслучайна ), оказывает влияние на темпы и направления как естественного, так и искусственного отбора. При этом опровергаются, по крайней мере, два из основных постулатов СТЭ: поток генов возможен только в пределах вида, то есть вид рассматривается в качестве генетически замкнутой системы, а сама генетическая изменчивость (особенно мутационная) носит случайный характер.
На каждом этапе микро - и макроэволюции естественный отбор, имея приспособительную направленность, чаще всего отметает неадаптированные генетические варианты. В то же время он не может служить надежной гарантией элиминации потенциально вредных ГМО. Как и в случае дрейфа генов (появление нейтральных мутаций), трансгенная информация может оказаться не подверженной естественному отбору, оставаясь на какой-то период скрытой (не экспрессируемой). Такая ситуация расширяет массив и спектр молчащей или призраковой генетической информации организмов.
Таким образом, отбор и случайность - не взаимоисключающие альтернативы, так как стохастические пертурбации (случайные события) имеются на каждой стадии отбора. Другими словами, хотя естественный отбор и имеет строго приспособительную направленность, он обладает и свойством иррациональности в том смысле, что сохраняет даже уродливые генетические варианты. Именно то, что естественный отбор и случайность существуют в природе рядом, а возможности генетической инженерии позволяют реализовать не только жизненно важные потребности, но и прихоти Homo sapiens, собственно и представляет потенциальную опасность.